از مهمترین بیماری های قارچی توت فرنگی می توان به سفیدک پودری، کپک پوسیدگی خاکستری یا بوتریتیس و سوختگی برگ توت فرنگی اشاره نمود.

سفیدک پودری: عامل بیماری Sphaerotheca macularis

این بیماری باعث کاهش رشد بوته ها، میزان محصول و همچنین کیفیت میوه می شود. عامل بیماری، کلیه اندام های هوایی از قبیل برگ ،گل ودم میوه را در بر گرفته که در صورت آلودگی میوه و گل، خسارت آن به محصول شدید است. درجه حرارت مناسب گسترش بیماری ۱۶ الی ۲۷ درجه سانتیگراد بوده و در شرایط رطوبت نسبی بالا حتی در برگ های خشک فعالیت عامل بیماری زیاد است.
مدیریت: شامل جمع آوری و حذف بقایای آلوده محل زمستان گذرانی، استفاده از ارقام مقاوم، ایجاد نور کافی بین بوته ها و داخل بوته ها، کنترل بیولوژیکی با استفاده از قارچ Ampelomyces quisqualis با نام تجاری AQ10، سم پاشی با قارچکش های بنومیل یا کاپیتان در زمان میوه دهی و غیره می باشد.

کپک یا پوسیدگی خاکستری: عامل بیماری Botrytis cinerea

یکی از بیماری های مهم توت فرنگی بخصوص در شرایط گرم و مرطوب است.عامل بیماری گل و میوه را آلوده می کند.آلودگی در قسمت انتهایی میوه شروع شده و به سایر بخش ها گسترش می یابد. بافت گیاه در ناحیه آلوده نرم و آبکی خواهد بود. میوه روی بوته به حالت خشک و مومیایی باقی می ماند. گسترش بیماری در درجه حرارت ۲۰ الی ۳۰ درجه سانتی گراد و رطوبت نسبی بالا می باشد. بررسی ها نشان داده اند که آلودگی میوه در مرحله گلدهی بوده ولی علائم در زمان تشکیل میوه ظاهر می شود.
مدیریت: شامل رعایت فاصله کاشت مناسب، دقت در زمان و میزان کوددهی، پوشاندن بین ردیف هابا مالچ جهت عدم تماس میوه با خاک، نوردهی و زهکشی مناسب، برداشت به موقع میوه، جمع آوری بوته های آلوده و از بین بردن آن ها، کنترل شیمیایی با سموم مناسب مانند کاپیتان و تیرام میباشد.

سوختگی برگ توت فرنگی: عامل بیماری Diplocarpon earlianum

این بیماری در هوای گرم شدت دارد. خیس بودن سطح برگ به مدت بیش از۱۲ ساعت و همچنین درجه حرارت ۲۷ الی ۳۰ درجه سانتیگراد زمینه را برای بیماری مستعد می کند. علائم در ابتدا به صورت لکه های مجزا بی شکل و در اندازه های مختلف است. در سطح فوقانی برگ لکه ها به رنگ صورتی تا قرمز است که در صورت شدت آلودگی گیاه سوخته به نظر می رسد. لکه ها ۱۶ الی ۱۵ روز پس از آلودگی ظاهر می شوند.
مدیریت: شامل استفاده از ارقام مقاوم، جمع آوری بقایای گیاهی آلوده، تهویه مناسب و نور کافی، استفاده از نشاهای سالم، کنترل علف های هرز و کنترل شیمیایی باسموم مناسب از قبیل تیوفانات متیل می باشد. نکته قابل توجه و پر اهمیت در پرورش توت فرنگی، تمرکز بر استفاده از شیوه های ارگانیک یا ایمن در مدیریت آفات و بیماریها بوده، از مصرف سموم شیمیایی حتی الامکان خودداری شود. با توجه به ساختار فیزیکو شیمیایی و بافت نرم و بدون پوشش سلولزی یا لیگنینی میوه توت فرنگی، بافت میوه شدیدا جاذب مواد شیمیایی بوده، از طرفی بدلیل رسیدن سریع هر چین میوه و برداشت های متوالی با فواصل زمانی کم خصوصا در ارقام چهار فصله در شرایط گلخانه، حتی الامکان عدم استفاده از سموم شیمیایی توصیه می گردد. در شرایطی خاص که روشهای ایمن و بیولوژیک کنترل آفات و بیماریها جوابگو نمیباشد، مصرف محدود سموم با توجه به دوره ماندگاری (کارنس) سم و جلوگیری از حضور بقایای سم در میوه، پیشنهاد می گردد.
بنابر این، در صورت اجبار به استفاده از سموم، رعابت و توجه به دوره ماندگاری سموم (دوره کارنس سموم)، امری لازم و اجتناب ناپذیر بوده، به نحوی که اثر سمیت بایستی قبل از برداشت میوه کاملا از بین رفته باشد.